La chaire REVIDA
(infections REspiratoires VIrales – du DiAgnostic au Pronostic)
Le Projet
La chaire REVIDA (infections REspiratoires VIrales – du DiAgnostic au Pronostic)
AAP Chaire industrielle 2023
Durée: 4 ans à partir du 11 octobre 2023
Financement: 1 401 350 € (700 675€ de l’ANR et 700 675€ de bioMérieux)
Coordinateur-titulaire: Dr Sophie TROUILLET-ASSANT, Laboratoire commun de recherche, Hospices civils de Lyon
Etablissement d’accueil: Université Claude Bernard Lyon 1
Société de co-financement: bioMérieux
Objectif
D’une durée de 4 ans, la Chaire REVIDA (infections REspiratoires VIrales – du DiAgnostic au Pronostic), est portée par le Dr Sophie Trouillet-Assant (UCBL/HCL). Hébergée à l’Université Claude Bernard Lyon 1 et travaillant au sein du laboratoire mixte HCL/UCBL/bioMérieux, la Chaire REVIDA combinera les efforts du Centre international de recherche en infectiologie (CIRI – CNRS/Inserm/Université Claude Bernard Lyon 1/ENS de Lyon), des Hospices Civils de Lyon et de bioMérieux pour proposer de nouvelles solutions diagnostiques efficaces et innovantes et améliorer ainsi la prise en charge des patients atteints d’infections respiratoires.
Elle est financée à 50% par le partenaire industriel bioMérieux et à 50% par l’ANR dans le cadre de son programme Chaires Industrielles.
Infection respiratoire et diagnostic
La prise en charge des maladies respiratoires est un enjeu majeur de santé publique, à cause notamment de l’émergence de nouveaux pathogènes, comme le SARS-CoV-2 responsable du COVID-19. Ces nouveaux virus rendent vulnérables nos systèmes de santé, et ont montré la nécessité pour nos instances d’être mieux préparer et de pouvoir répondre plus rapidement. Ces virus sont des fardeaux que ce soit en termes de mortalité et morbidité (cas du SARS-CoV-2 : 7 millions de morts dans le monde, 20 000 hospitalisations par semaine lors de la première vague).
Lorsqu’un individu présente des signes de maladies respiratoires (toux, fièvre, ….), il est difficile à première vue d’en connaitre l’origine. Le diagnostic repose habituellement sur la recherche des pathogènes suspectés d’être à l’origine de l’infection par des PCR qui cible l’ADN ou l’ARN des pathogènes Le plus souvent, en cas de suspicion d’infection virale, seule la recherche de 3 virus en particulier (SARS-CoV-2 , RSV, Virus Influenza) est réalisée en première intention. Or, nous pouvons être infectés par de nombreux virus ( SARS-CoV-2 , RSV, Virus Influenza, adénovirus, métapneumovirus, rhinovirus , virus para influenza , virus respiratoire syncytial …) des bactéries (pneumocoque, Hæmophilus influenzæ, Moraxella catarrhalis) ou encore des champignons. Ainsi, réaliser un test PCR spécifique pour chaque virus ou bactérie qui peuvent être responsable des symptômes respiratoires n’est pas faisable. D’autre part, lorsqu’un nouveau virus émerge, il faut un certain temps pour que les tests PCR spécifiques de nouveau virus soient disponibles ce qui posent de gros problèmes en termes de diagnostic.
Il est donc urgent d’avoir de nouveaux outils diagnostics pour améliorer le diagnostic des infections respiratoires et ainsi être mieux préparé en cas d’émergences de nouveau virus. Pour répondre à ce challenge, la chaire REVIDA propose une alternative innovante pour le diagnostic des infections qui ne s’intéresse plus à la recherche du pathogène, mais à la réponse de l’hôte pour connaitre l’étiologie microbienne d’une infection.
L’interféron de type I
Pour cela, le projet REVIDA s’intéresse particulièrement à une voie immunitaire mise en place par l’hôte lorsqu’il est infecté par un virus : l’interféron de type I.
Un point commun à l’ensemble des virus est leur capacité à induire les interférons de type I qui sont des protéines secrétées par l’organisme en réponse à une infection virale. Cette réponse immunitaire mise en place par les cellules, circulantes notamment, mais aussi dans les tissus, va aider à combattre l’infection et limiter sa propagation dans l’organisme grâce aux puissantes propriétés antivirales que possèdent les protéines appartenant à la famille des interférons de type I.
Durant la pandémie du Covid19, nos résultats préliminaires ont montré que nous pouvions quantifier l’augmentation de la réponse IFN-I dans le sang et dans les muqueuses nasales chez les patients positifs au SARS-CoV-2. Cette mesure peut se faire à partir des prélèvements naso-pharyngés, les mêmes prélèvements que ceux utilisés pour la réalisation des tests PCR.
Aujourd’hui, des prototypes de recherche (non commercialisés) développés par le partenaire industriel de la Chaire, bioMérieux, sont capables de mesurer cette réponse IFN-I, témoignant d’une infection virale en cours en seulement 45 min directement à partir d’un prélèvement nasopharyngé.
