Objectif 1 : le diagnostique

Le premier objectif de la Chaire consiste à confirmer que le score Interféron de type I représente un marqueur universel des infections virales respiratoires. Pour cela, les Hospices civils de Lyon vont recueillir 1000 écouvillons nasopharyngés parmi leurs patients hospitalisés, sur lesquels les performances de ce nouveau test IFN-I pour diagnostiquer les infections virales vont être évaluées. Afin d’être exhaustif sur les infections virales, le même type d’étude va être réalisée sur trois autres continents (Afrique, Amérique du Sud et Asie du Sud-Est).Le caractère universel du marqueur pourra ainsi être confirmé.

La capacité du score IFN-I à distinguer les infections virales actives (dites réplicatives) va également être testée dans cet axe de recherche. Pour cela, grâce à la collection d’échantillons provenant des HCL, nous pourrons déterminer un seuil de réponse à l’IFN, dans les écouvillons nasopharyngés, reflétant le caractère réplicatif de l’infection en cours. . Il sera possible d’affiner ce seuil associé à une réplication virale grâce à des méthodes ex-vivo  qui permettront par exemple d’exposer l’épithélium des voies respiratoires humaines à des virus inactivés (inactivation thermique ou traitement UV).

Résultats

L’étude RESPIFERON, a permis de démontrer la capacité discriminante du score Interféron de type-I. Pour cela, 788 échantillons nasopharyngés ont été collectés sur des patients suspectés d’infections respiratoires virales durant leur séjour à l’hôpital aux Hospices Civils de Lyon, et envoyés au laboratoire virologique de routine pour un diagnostic virologique. Parmi les échantillons positifs pour les virus recherchés par les tests de première ligne (VRS, SARS-CoV-2 et grippe), une forte capacité discriminante du score Interféron de type-I pour différencier les échantillons respiratoires viraux de ceux non-infectés a été rapportée (AUC = 0.92).

De plus, sur les 284 échantillons nasopharyngés négatifs avec les test PCR de première ligne, une suspicion d’infection viral selon le socre IFN-I a été trouvée dans 63% des cas (178/284). La seconde ligne de test (test (BioFire® Respiratory Panel 2.1 plus) et la métagénomique virale confirment la presence de virus dans 94% des cas. Ceci soulève l’intérêt du score IFN-I pour améliorer la documentation des infections virales respiratoires et raffiner l’utilisation de la métagénomique virale pour rechercher des virus émergents ou ré-émergents.

Les résultats de l’étude RESPIFERON ont été publiés dans le journal eBioMedicine, dans l’article intitulé « “Advancing Respiratory Virus Diagnostics: Integrating the Nasal IFN-I Score for Improved Viral Detection”.

10. Mommert-Tripon et al., « Advancing respiratory virus diagnostics: integrating the nasal IFN-I score for improved viral detection », eBioMedicine, vol. 110, p. 105450, déc. 2024, doi: 10.1016/j.ebiom.2024.105450