Actualité sur la diversité virale

Dr David Bussy, médecin réanimateur au service de médecine intensive de réanimation de l’hôpital de la Croix-Rousse et Kylian TREPAT, doctorant, ont contribué à la publication intitulée « Case-based evidence links increased SARS-CoV-2 diversity to impaired IFN-I response in severe COVID-19 » publiée en juillet 2025, dans Journal of Human Immunity. – https://doi.org/10.70962/jhi.20250019

La diversité virale au sein d’un même individu constitue un facteur clé dans l’émergence de variants du SARS-CoV-2, phénomène particulièrement marqué chez les patients immunodéprimés. Une excrétion prolongée du virus favorise l’accumulation de mutations et accroît ainsi la diversité intra-hôte. Le contrôle initial de la réplication virale repose en grande partie sur la réponse antivirale médiée par les interférons de type I (IFN-I). Or, plusieurs travaux ont mis en évidence qu’une altération de cette réponse, fréquente dans les formes sévères d’infections respiratoires virales, peut conduire à une réplication non contrôlée et donc potententiellement à une diversification accrue du virus. L’étude avait pour objectif d’évaluer si une déficience de la réponse IFN-I pouvait favoriser l’émergence de variants intra-hôtes. Dans le cadre d’une cohorte clinique prospective, un patient présentant une diversité virale intra-hôte exceptionnellement élevée a été identifié. Cette observation était associée à la présence d’auto-anticorps neutralisant l’IFN-β, compromettant ainsi la réponse antivirale.
Ces résultats renforcent l’hypothèse selon laquelle une altération de la réponse IFN-I, en particulier lorsqu’elle est liée à des auto-anticorps anti-IFN-I, contribue à la génération et au maintien de la diversité virale intra-hôte, avec des implications directes pour la compréhension de l’émergence des variants.